Музей истории евреев Одессы «Мигдаль-Шорашим» был открыт в ноябре 2002 года еврейским общинным центром «Мигдаль». Необходимость создания такого музея объяснялась тем, что история евреев Одессы была крайне скудно отражена в экспозициях одесских государственных музеев.
Между тем, к концу XIX евреи составляли около 35% населения города, а в 1900-1910-х Одесса стала третьим в мире городом по количеству еврейского населения (после Нью-Йорка и Варшавы). Именно в этот период в Одессе жили и активно работали еврейские писатели и поэты Менделе Мойхер-Сфорим, Шолом-Алейхем, Х.-Н. Бялик, Ш. Черниховский, историки Ш. Дубнов, И.-Г. Клаузнер, предтечи сионистского движения М.Лилиенблюм и Л.Пинскер, сионисты В.(Зеев) Жаботинский, А. Гинцбург (Ахад-га-Ам), М. Усышкин, М. Дизенгоф и др.
В 1910-х годах евреи играют одну из ведущих ролей в художественной жизни города и в кинематографе, появляется блестящая плеяда русскоязычных литераторов (И. Бабель и др.).
В начале 1920-х годов еврейская составляющая становится наибольшей среди других этносов Одессы (более 40%), к концу 1930-х она сохраняет 3-ю позицию (более 30%).
Около 120 тысяч одесских евреев были уничтожены в одесском регионе в период оккупации 1941-1944 г.г.
Несмотря на то, что в 1950-80-е годы доля еврейского населения Одессы в значительной мере уменьшается (менее 20%), вклад евреев в историю Одессы, особенно в области науки и культуры, по-прежнему остается весьма весомым.
Со второй половины 1960-х годов начинается движение «еврейского сопротивления», получившего впоследствии название «отказничества». В этом движении коренятся последующие с началом «перестройки» процессы эмиграции, в том числе, массовой алии, а с другой стороны – предпосылки еврейского возрождения в Одессе в начале 1990-х.
Несмотря на свои небольшие размеры в настоящий момент музей-квартира «Мигдаль-Шорашим» является одним из самых авторитетных в Украине. В музейных фондах находятся около 14000 единиц хранения (документы, фотографии, книги, газеты, открытки, религиозные и бытовые предметы, музыкальные инструменты, произведения искусства и др.). Из них около 1500 представлены в постоянной экспозиции.
Большинство предметов коллекции представляют собой “семейные фонды”, переданные в дар музею. Это обусловило специфичный, нелинейный характер экспозиции: семейные истории связывают между собой различные исторические периоды и географические пространства.